يشكل عام 2006، نهاية لمرحلة تميزت بتطبيق خطة شبكة المنظمات العربية غير الحكومية الذي دام سنتين، وقد شهدت الشبكة فترة تقدم مهمة في عملها المؤسساتي وبكونها شبكة في آن واحد. وقد ارتكز العمل الذي طبق في هذه الفترة الزمنية، على نتائج سياسة التخطيط الاستراتيجية التي اطلقت في كانون الأول / ديسمبر 2003، وانتهت مع نهاية العام 2004.
